Konservatooriumis alustas ta õpetajana 1960. aastal ning jõudis aastakümnete jooksul olla dotsent, professor, klaveriosakonna juhataja ja muusikute doktoriõppe juht. Lilian Semper õppejõuna oli isiksus kogu kooli jaoks, tal oli teadmisi, erku kunstitaju ja huvi uue vastu, arutlustel oli tal midagi huvipakkuvat ja tasakaalukat öelda kõige erinevamate ettevõtmiste kohta, mis jäid vahel traditsioonilisest klaverimängust üsna kaugele. Ühes oma intervjuus on ta öelnud: „Muusika kaudu näeb kaasinimese sisse. Pole paremat vahendit õpilase tundmaõppimiseks kui tema tehtud muusika kuulamine, sest siin avaneb ta kõige ausamalt ja intiimsemalt. Tänu sellele on ka õpetajatöö erakordselt huvitav.”

Häid klaverimängijaid tuleb peale uusi ja uusi põlvkondi, kuid Lilian Semperiga kadus üks ajastu, õhkkond, armas inimene.