Heinz von zur Mühleni ajaloolaste ringkonnis hästi tuntud ja kõrgelt hinnatud tööd keskenduvad Eesti, eriti aga Tallinna vanemale ajaloole. Ta on käsitlenud põhjalikult ka eestlaste osatähtsust ja seisundit vanas Tallinnas. Oma uurimistöös kasutas Mühlen ulatuslikult Tallinna Linnaarhiivi allikaid, millest märkimisväärne osa asus Teisest maailmasõjast kuni 1990. aasta sügiseni Saksamaa Liitvabariigis.

Mühleni teadusliku pärandi hulka kuulub mahukas, Tallinna vanema ajaloo käsiraamatuks kujunenud ?Sakslane ja mittesakslane keskaegses ja varauusaegses Tallinnas? (1973, koos Paul Johanseniga), Mühlenite perekonnalugu Tallinna ajaloo taustal ?Tallinn 16. kuni 18. sajandini. Ühe raesuguvõsa kujud ja põlvkonnad? (1985), Eesti ja Läti ala vanemat ajalugu käsitlevad osad koguteoses ?Baltimaad? (1994). Mühlen viis lõpule ja andis välja ?Balti ajaloolise kohaleksikoni? Eesti köite (1985) ning Paul Johanseni uurimuse ?Balthasar Rüssow kui humanist ja ajalookirjutaja? (1996). Lisaks on ta avaldanud arvukalt üksikartikleid. Tema viimaseid ulatuslikke trükis ilmunud käsitlusi on ?Tallinna aastamaksu nimekirjad 1369 ? 1372. Läbilõige Tallinna elanikkonna muutumisest alates algusajast kuni 17. sajandi lõpuni? (2003).

Heinz von zur Mühleni panus oma sünnimaa ja sünnilinna ajaloo uurimisse on püsiva väärtusega. 2001. aastal tunnustas Eesti riik tema tööd Maarjamaa Risti III klassi ordeniga. 2002. aastal temale antud Tallinna teenetemärgi võttis ta Tallinna raekojas ise vastu.

Heinz von zur Mühlen maeti 9. juunil Neubibergi kalmistule.

Tallinna Linnaarhiiv