1953. aastal kaitses E. Vääri kandidaadiväitekirja ?Sugulusalane sõnavara läänemeresoome keeltes?, 1955 sai ta vanemõpetajaks, 1956 dotsendiks. Aastate jooksul õpetas E. Vääri sissejuhatust keeleteadusse, üldkeeleteadust, läänemeresoome keelte ajaloolist grammatikat, tänapäeva eesti keelt, vadja keelt, liivi keelt, soome kirjandust, soome keelt, 1951. aastast peale organiseeris ja juhendas välipraktikat ning ekspeditsioone liivi keele uurimiseks. Nimelt jagati 1948. aastal soome-ugri keelte kateedris läänemeresoome keeleala selliselt, et P. Aristele jäid vadja ja isuri, P. Palmeosele karjala ja vepsa, E. Väärile liivi keel.

Rahvusvaheliselt tuntakse E. Väärit kui läänemeresoome keelte ja eriti liivi keele uurijat. Esikohal ongi liivi keele uurimine. See algas juba 1948. aastal ja kestis kuni elulõpuni. Temalt on ilmunud üle 200 uurimuse, kirjutise ja liivikeelse teksti. Oma uurimistulemusi on ta esitanud peaaegu kõikidel tollase Nõukogude Liidu üleliidulistel fennougristide konverentsidel, samuti rahvusvahelistel kongressidel 1965. aastast peale, kui eestlased pääsesid esimest korda välismaale ? kongressile Helsingisse. 1975 kaitses E. Vääri doktoriväitekirja ?Algupärased tuletusliited liivi keeles?. Seejärel oli ta professori kohusetäitja, töötas aastail 1976 ? 1978 Helsingi ülikoolis eesti keele ja kirjanduse lektorina, lugedes ka liivi keelt. 1980. aastal kinnitati E. Vääri Tartu ülikooli professoriks.

Suurt huvi tundis E. Vääri tänapäeva eesti keele probleemide vastu. E. Vääri pani kirja J. V. Veski seisukohti ja mälestusi, ta jälgis ka J. Aaviku keelealaste vaadete kujunemist ja analüüsis tema grammatikat. 1988 ? 1989 tegeles ta ENSV Ülemnõukogu Presiidiumi juurde loodud eesti keele staatuse töögrupis keeleseaduse loomisega. Keelepoliitika alalt ilmusid talt põhimõttelised kirjutised ?Eesti keele ja rahva kriitilistest hetkedest? (KK 1988), ?Keelteoskus on kultuuri koostisosa? (?Ausalt ja avameelselt?, Tallinn 1988), ?Eesti kirjakeele ohud? (KK 1994).

E. Väärile olid südamelähedased ka üldkeeleteaduse küsimused. Ta luges sissejuhatust keeleteadusse ja üldkeeleteadust Tartu Õpetajate Instituudis, Tartu Õpetajate Seminaris ja Tartu ülikoolis 45 aastat.

Eduard Vääri tegutses ülikoolitöö kõrval tegevõpetajana ja metoodikuna juba 1950. aastast peale. 1960. aastatest oli ta haridusministeeriumi juures oleva eesti keele ja kirjanduse ainekomisjoni liige. Samal ajal kuulus ta ka vabariiklikku õigekeelsuskomisjoni. Mõlemas komisjonis arutati palju õigekeelsusprobleeme. Saadud impulsside mõjul ilmus ?Eesti keele õpik keskkoolile? (Tallinn 1968). Õpiku juurde kuulusid mitmed abivahendid. Eelnevatega seostub ka ?Viron kielen oppikirja? (Helsingi 1975).

E. Vääri huvipiirkonda on kuulunud ka leksikograafia. Paljude keelte algteadmiste omandamine ja keeleteaduse õpetamine olid eelduseks, miks ?Võõrsõnade leksikoni? (Tallinn 1961) koostajad R. Kleis ja J. Silvet kutsusid ta oma kaasautoriks. Selle kuuendat ning uuendatud trükki (Tallinn 2000, 1072 lk) täiendas E. Vääri 14 000 märksõnaga.

E. Vääri on korduvalt käsitlenud mitmeid keeleteaduse ja Tartu ülikooli ajaloo probleeme. Pikemaid südamest kirjutatud käsitlusi leidub soome-ugri keelte väliuurimisest, Tartu fennougristikakoolkonnast, J. V. Veskist kui eesti kirjakeele arendajast, liivi keele uurimisest Rootsi-aegses Tartu ülikoolis, soome-ugri keelte kateedri ajaloost aastani 1955, Leningradi filoloogilisest seminarist 1948. aastal, soome-ugri nõupidamisest Leningradis 1947. aastal, humanitaarõppejõudude ja -üliõpilaste vastu suunatud ideoloogilistest rünnakutest ajalehtedes Postimees ja TRÜ aastail 1945 ? 1955 jm.

Pärast töölepingu katkestamist Tartu ülikooli poolt 31. oktoobril 1993 jätkas E. Vääri missioonitundest õppetööd EPA keeltekeskuses, Tartu Õpetajate Seminaris ja Tartu Muusikakoolis. Samuti jätkas ta uurimisreise liivlaste juurde ning avaldas mitmeid uurimusi, näit. fennougristide rahvusvahelise kongressi puhul ilmus pikem kirjutis ?Liiviläiset ja liivin kieli? (Itämerensuomalaiset. Heimokansojen historiaa ja kohtaloita, Jyväskylä 1995).

Eduard Vääri tegevusvaldkond oli ulatuslik nii ajas kui ka ruumis, kuid ta pidas end kindlalt tartlaseks.  Ta oli 1993 ? 1996 Tartu linna volikogu liige, juhatades kultuuri- ja hariduskomisjoni. 2004. aastal autasustati E. Väärit Valgetähe IV klassi ordeniga, kõrgeima keeleteadusliku tunnustusena sai ta 2001. aastal F. J. Wiedemanni auhinna. Kõikide Eduard Väärit tundnute nimel tahaksime loota, et meil kõigil jätkuks põhimõttekindlust ja indu tema südamele lähedal olnud tööde ja tegemiste jätkamisel.